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Possuindo um ambulatório completo, com equipe de atuação multidisciplinar e profissionais de enfermagem e serviço social próprios para seu atendimento, o serviço de Endocrinologia da Funfarme tem setores especializados em diabetes e suas complicações, sendo um dos únicos serviços em Rio Preto a possuir um grupo de debates e atenção ao diabético.
Especialidade voltada ao diagnóstico e tratamento de distúrbios endocrinológicos na infância e adolescência, a Endocrinologia Pediátrica ou Infantil volta-se ao tratamento de distúrbios de crescimento, tireóide, diabetes e obesidade, distúrbios de diferenciação sexual (genitália ambígua) e erros inatos do metabolismo. Trabalhando com equipes multidisciplinares compostas por profissionais de diversas áreas médicas, a Endocrinologia Pediátrica da Funfarme destaca-se ainda por ser referência no Estado para tratamento com bombas de infusão de insulina (tratamento voltado a crianças portadoras de diabetes crônica), estudos e tratamento na diferenciação sexual e é um dos únicos centros médicos do país a realizar o tratamento para a doença rara conhecida como ossos de cristal, a osteogênese imperfeita.